Xã Mỹ Long tiếp giáp xã Long Tiên ở phía tây, tiếp giáp xã Tam Bình ở phía nam, tiếp giáp xã Bàn Long và xã Hữu Đạo của huyện Châu Thành ở phía đông, tiếp giáp địa phận của thị xã Cai Lậy ở phía bắc.[3]

Các con sông, kênh, rạch chảy qua địa bàn xã gồm: rạch Bà Trà, kênh Bang Lợi, sông Bình Ninh, rạch Cả Nai, sông Cầu Gió, kênh Chín Tương, Kênh Mới, kênh Mỹ Long - Bà Kỳ, kênh Năm Mạnh, kênh Ông Mười, rạch Mương Lộ, sông Rạch Gầm, kênh Tám Các.[4]